El aminofosfonato natural ácido 2-aminoetilfosfónico (AEP), que es un análogo estructural al aminoácido β-alanina y al aminosulfonato taurina, fue el primer fosfonato identificado (en 1959) y se encontró posteriormente en plantas y muchos animales, donde está localizado en las membranas. Los fosfonatos son bastante comunes entre diferentes organismos, desde procariotas a eucariotas, fungi, moluscos, insectos y otros.